Ce dernier vise l'informatisation des contrôles fiscaux sur les mouvements des produits à l'intérieur de la communauté, alors que l'informatisation du transit vise à établir un système électronique, remplaçant le système papier, pour les marchandises circulant entre la Communauté et les pays tiers, afin d'assurer le paiement des taxes et les droits. En plus, le système envisagé pour accises établit un lien direct entre les opérateurs alors que NCTS établit en termes généraux seulement un lien de bureau à bureau de douane.
The latter is intended to computerise tax checks on movements of goods inside the Community, while the transit system aims to computerise the movement of goods between the Community and third countries, to ensure that taxes and customs duties are paid. Moreover, the system for excise establishes a direct link between traders, while the NCTS broadly links only customs offices.
