Un altro caso è quello del lavoro dell'autorità di gestione svolto da un'unità di una direzione o di un dipartimento, nel cui ambito altre unità allo stesso livello espletano altre funzioni come quelle di autorità di pagamento, di organismi intermedi per determinate misure o di controllo interno, e in cui queste altre unità non dipendono, per consuetudine, dall'unità dell'autorità di gestione, ma dal capo del dipartimento.
Il y a également le cas où le travail de l'autorité de gestion est effectué par une unité au sein d'une direction ou d'un service où d'autres unités exécutent d'autres fonctions (autorité de paiement, organismes intermédiaires pour certaines mesures ou audit interne) et, traditionnellement, ne rendent pas compte à l'unité qui fait office d'autorité de gestion, mais au chef du service.