Elle a été actualisée en 2006 afin de tenir compte de l'évolution des connaissances et des normes de qualité. La version révisée de la directive repose sur des données scientifiques améliorées et permet ainsi de fournir plus rapidement au public de meilleures informations quant à la qualité des eaux de baignade. Au lieu des simples mesures d'échantillonnage et de surveillance prévues auparavant, elle met en place une véritable gestion de la qualité des eaux de baignade, qui s'intègre dans d'autres mesures de l'UE visant à protéger la qualité de l'eau, comme la directive-cadre sur l'eau.
The revised version of the directive is based on improved scientific knowledge, provides better and earlier information to citizens about the quality of their bathing waters, moves from simple sampling and monitoring of bathing waters to bathing quality management, and is integrated with other EU measures protecting water quality such as the Water Framework Directive.