La struttura esecutiva specifica deve essere una struttura esterna snella ed economicamente vantaggiosa, e deve essere istituita sotto forma di agenzia esecutiva della Commissione – l’Agenzia esecutiva del Consiglio europeo della ricerca (ERCEA) – con il compito di attuare il programma “Idee”. Finché l’ERCEA non sarà operativa, le funzioni della struttura esecutiva specifica del CER sono assicurate dalla direzione S della DG Ricerca, una nuova direzione appositamente creata a tal fine il 1º ottobre 2006.
La structure spécifique de mise en œuvre doit être une structure externe légère et efficiente, sous forme d'une agence exécutive de la Commission (l'agence exécutive du CER – l'AECER) chargée de mettre en œuvre le programme «Idées». En attendant l'entrée en fonction de l'AECER, les fonctions de la SSMO-CER sont assurées par la direction S de la DG Recherche, une nouvelle direction créée à cet effet le 1er octobre 2006.