La nomina del direttore generale dell'EUMS, del direttore generale aggiunto dell'EUMS e di tutti i direttori e capi sezione avviene tramite scambio di lettere, previsto all'articolo 1, paragrafo 6, tra il direttore operativo e la rappresentanza permanente dello Stato membro interessato; tutte le altre nomine avvengono tramite scambio di lettere tra il direttore generale dell'EUMS e la rappresentanza permanente dello Stato membro interessato.
L'échange de lettres visé à l'article 1er, paragraphe 6, a lieu entre le directeur général administratif et la représentation permanente de l'État membre concerné s'agissant du directeur général et du directeur général adjoint de l'EMUE ainsi que de toutes les fonctions de directeur ou de chef de section, et entre le directeur général de l'EMUE et la représentation permanente de l'État membre concerné s'agissant de toutes les autres fonctions.