In via eccezionale, e solamente per il periodo 1994-1996, il FESR finanzia anche progetti di infrastruttura ambientale che di norma spetterebbero al governo centrale: le reti di fognature (per es., presso Alcalá de Henares e Parla), la rete di stazioni di trattamento delle acque reflue urbane o di raccolta di rifiuti solidi e loro trattamento (per es., la raccolta dei vecchi pneumatici di autovetture presso Zarzaquemada).
À titre exceptionnel, et uniquement pour la période 1994-1996, le FEDER finance également des projets d'infrastructures d'intérêt environnemental, qui sont normalement du ressort du gouvernement central : par exemple, des réseaux d'égouts (notamment à Alcalá de Henares et à Parla), des réseaux de stations d'épuration des eaux urbaines, ou le ramassage des déchets solides et leur traitement (ramassage des vieux pneus de voiture à Zarzaquemada).