La gestione di ISPA, come il Parlamento ha già avuto modo di osservare nella sua risoluzione sui fondi strutturali, il fondo di coesione e ISPA (A5-202/2002), e secondo ciò che la Corte dei Conti ha rilevato nella Relazione annuale per il 2000, ha incontrato non poche difficoltà al momento della sua attuazione concreta, a partire dall'anno di programmazione 2000.
La gestion de l'ISPA a rencontré de nombreuses difficultés au moment de sa réalisation concrète c'est-à-dire à partir de l'année de programmation 2000, comme le Parlement a déjà pu l'observer dans sa résolution sur les Fonds structurels, le Fonds de cohésion et ISPA (A5-202/2002), de même que la Cour des comptes dans le rapport annuel 2000. Ces difficultés ont été partiellement aplanies vu le caractère innovant de ce programme et la nécessité de réaliser des projets selon les règles communautaires dans des pays qui ne font pas partie de l'UE et dans lesquels ces règles ne sont pas en vigueur et sont souvent méconnues.