Tuttavia, in assenza di una formale designazione di dette aree sensibili, la Commissione applica un approccio differenziato caso per caso e che tiene conto, da una parte, dell'esistenza di dati scientifici concernenti il rischio di eutrofizzazione delle acque marittime che entrano nei bacini fluviali interessati (e riconosciuti nel quadro delle convenzioni internazionali firmate da detti paesi: Helcom per il Mar Baltico, Ospar per il Mare del Nord, Barcellona per il Mar Mediterraneo, le Convenzioni del Danubio e del Mar Nero per il Mar Nero); e dall'altra, della posizione e delle caratteristiche dei progetti ISPA.
Toutefois, en l'absence de liste officielle, la Commission adopte une approche au cas par cas qui tient compte, d'une part, des données scientifiques existantes concernant le risque d'eutrophisation des eaux maritimes réceptrices des bassins hydrographiques concernés (données reconnues par les conventions internationales signées par ces pays : convention d'Helcom pour la mer Baltique, convention d'Ospar pour la mer du Nord, convention de Barcelone pour la Méditerranée, conventions du Danube et de la mer Noire pour la mer Noire) et, d'autre part, de la localisation et des caractéristiques des projets ISPA.