Il programma Fiscalis, così come quello che lo ha preceduto, ossia il programma Matthaeus-Tax, si pone come perno della cooperazione amministrativa attraverso scambi di funzionari tra le amministrazioni degli Stati membri, l'organizzazione di seminari che affrontano temi ben precisi, e controlli multilaterali nel campo dell'imposizione indiretta.
Le programme Fiscalis, ainsi que le programme Matthaeus-Tax qui l'a précédé, a constitué l'axe de la coopération administrative, grâce aux échanges de fonctionnaires entre administrations fiscales des États membres, à l'organisation de séminaires portant sur des sujets précis, et à l'organisation de contrôles multilatéraux dans le domaine de la fiscalité indirecte.