Nell'esercizio delle sue funzioni, il Consiglio congiunto è assistito da una commissione mista composta da rappresentanti del Consiglio dell'Unione europea e della Commissione europea, da una parte, e del Cile, dall'altra, nonché da una sottocommissione commerciale mista incaricata di garantire il conseguimento degli obiettivi commerciali previsti all'articolo 5 e di preparare la liberalizzazione progressiva e reciproca degli scambi.
Le Conseil conjoint est assisté, dans l'accomplissement de ses tâches, par une commission mixte, qui se compose de représentants du Conseil de l'Union européenne et de la Commission européenne, d'une part, et de représentants du Chili, d'autre part, ainsi que par une sous-commission commerciale mixte, chargée d'assurer la réalisation des objectifs commerciaux et de préparer les travaux pour la libéralisation commerciale progressive et réciproque.