Oltre a decidere in merito allo stanziamento delle risorse comunitarie da assegnare a tali fondi, la Commissione europea presiede le assemblee dei contribuenti e ha un potere di codecisione, in quanto membro principale di tali organi direttivi, riguardo ai singoli accordi di sovvenzionamento siglati dal gestore dei fondi e dai paesi beneficiari a sostegno dei singoli progetti.
La Commission européenne décide non seulement les montants que la Communauté leur alloue, mais préside aussi leurs assemblées de bailleurs de fonds et participe, en tant que membre important de ces instances d'orientation, aux décisions concernant les divers accords de subvention établis entre le directeur des Fonds et les pays bénéficiaires pour soutenir les divers projets.